sunnuntaina, helmikuuta 18, 2018

Väriristeytys-esimerkki: classic cream champagne + mustankimo

Väriasioita taasen, ajattelin tehdä blogiin satunnaisesti erilaisia esimerkki-risteytyksiä, joissa yritän avata enemmän genetiikka-asioita ja sitä, mitä suvusta voi nähdä. Ensimmäinen esimerkki olkoon tällä hetkellä kuvaton (ja niin ollen sille ei väriäkään ole määritelty) tennesseenwalker-ori Commander's Johnny English. Huomautan tässä, että jossain vaiheessa Johnny tulee saamaan värin ja kuvan, mutta se ei liity varsinaisesti mitenkään näihin risteytyspohdintoihin, joissa käyn läpi, mitkä vaihtoehdot olisivat realistisia.

Vanhempien genotyyppejä ei ole merkitty, joten täytyy aloittaa ensin siitä ja määrittää mahdollisimman tarkasti vanhempien genotyypit. Valitsin nyt ensimmäiseksi esimerkiksi helpon tapauksen, jossa vanhempien genotyypit voidaan määrittää suvun perusteella.

Isän väri ja genotyyppi
Johnnyn isä Fire Star's Commander GA on classic cream champagne eli samppanjanmustanvoikko. Käytännössä se on siis musta (E aa) hevonen, jota vaalentaa yksinkertainen voikkogeeni (CCR) ja samppanjageeni (CH).

Isä on siis eriperintäinen eli heterotsygootti voikkogeenin suhteen. Voikkogeenihän samanperintäisenä esiintyessään aiheuttaa nämä tuplavoikot värit eli se vaalentaa hyvin radikaalisti hevosen väriä ja jos isä olisi genotyypiltään E-aa-CCRCCR-CH, se näyttäisi smoky creamilta vaikka sillä on tuo samppanja. Tuplavoikko peittää tehokkaasti muita värejä alleen. Isä voisi kyllä olla tuplavoikko, koska sen molemmat vanhemmat taas kantavat voikkogeeniä (ii. mustanvoikko sabino, ie. gold cream champagne eli samppanjanvoikko) ja sopivasti sattuessaan Fire Star's Commander GA olisi voinut saada sen voikon molemmilta. Nyt kuitenkaan ei käynyt niin, vaan se sai sen vain toiselta.

Samppanjaväri sen sijaan näyttää aivan samalta, oli hevonen sitten eriperintäinen (CHch) tai samanperintäinen (CHCH). Fire Star's Commanderin ulkonäöstä emme siis pysty päättelemään kumpi se on. Sukutaulusta se sen sijaan selviää: Fire Star's Commanderin isä ei ole samppanjavärinen, joten se on väistämättä periyttänyt pojalleen ch-alleelin. CH-alleeli on tullut samppanjaväriseltä emältä, joten Fire Star's Commander on genotyyppiä CHch.

Viimeinen kysymysmerkki on pohjavärin eli mustan genotyyppi. Mustalla agouti-geeni on tyyppiä aa, mutta ekstensio voi olla joko Ee tai EE. Tätäkään ei pysty päättelemään hevosen ulkoasusta, yhtä lailla mustia kumpikin tyyppi on. Jälleen kuitenkin tulee sukutaulu apuun. Fire Star's Commanderin emä on samppanjanvoikko eli rautias, jolla on yksinkertainen voikkogeeni ja samppanjageeni. Rautias on aina tyyppiä ee, joten se pakostikin on periyttänyt varsalleen e-alleelin. Isältä taas on tullut se E.

Näiden pohdintojen perusteella voimme päätellä, että Fire Star's Commanderin genotyyppi on Ee-aa-CCCR-CHch.

Emän väri ja genotyyppi
Emä To Be Married Ion on mustankimo, yhtälailla sen pohjaväri on musta (E aa), mutta mustan "päällä" on kimogeeni (GR).

Kimoon pätee sama kuin samppanjaan eli GRgr ja GRGR ovat samannäköiset kimot, joten taas on mentävä tutkimaan sukua jos haluaa selvittää emän genotyypin kimon suhteen. Ja kas, emän vanhemmista vain toinen on kimo, joten emän genotyyppi on GRgr.

Samalla tavoin kuin isänkin kohdalla, voimme päätellä myös emän olevan Ee, koska emänisä on rautias eli ee.

Emä To Be Married Ion on siis genotyypiltään Ee-aa-GRgr.

Mahdolliset pohjavärit
Sitten alamme katsoa, minkävärinen Johnny itse voi olla. Tässä kohden voisi toki syöttää vanhempien värit ja genotyypitkin (niitähän ei välttämättä tarvita) Coat Color Calculatoriin, sieltä saisi tarkasti todennäköisyysprosentitkin eri väreille. Selvitän tässä kuitenkin ilman CCC:tä nuo risteytykset.

Kun tässä yhdistelmässä pyörii pohjavärien lisäksi kolme eri erikoisväriä (voikko, samppanja ja kimo), on helpointa pilkkoa risteytystä vähäsen. Aloitan ensin pohjaväreistä. Kumpikin vanhempi on siis musta, genotyypiltään Ee-aa. Agouti-geeni on helppo: molemmilla vanhemmilla on aa-tyyppi ja sitä ne periyttävät varsallekin sataprosenttisesti. Varsa ei mistään voi saada A-alleelia. Sen sijaan kumpikin vanhemmista voi periyttää varsalle joko E- tai e-alleelin. Alla on esitetty "todennäköisyystaulukko" tästä saataville yhdistelmille.

Vanhempien alleelit E e
E EE Ee
e Ee ee

Tästä voidaan siis päätellä, että 75% todennäköisyydellä varsa on musta, joko EE-aa tai Ee-aa, ja 25% todennäköisyydellä rautias, ee-aa.

Voikko ja samppanja lisäksi
Voikko ja samppanja tulevat Johnnylle isältä, emällähän kumpaakaan ei ole. Käsittelen nämä kaksi diluutioväriä tässä nyt yhdessä samanlaisessa risteytystaulukossa kuin tuo E-geeninkin, mutta tällä kertaa taulukko on hieman toisennäköinen. Emältä saadut alleelit on vaakarivillä, isältä saadut pystyrivillä taulukon vasemmassa sarakkeessa.

Mekaniikka noissa geenimerkinnöissä on se, että koska emällä ei ole sen paremmin voikko- kuin samppanjageeniäkään, sen genotyyppi on CC-chch. Se ei voi periyttää varsalleen siis mitään muuta kuin C:n ja ch:n. Isä sen sijaan on eriperintäinen molempien suhteen eli CCCR-CHch. Se voi siis periyttää varsalle joko C:n tai CCR:n sekä CH:n tai ch:n. Koska nämä eivät riipu toisistaan, erilaisia vaihtoehtoja Johnnyn isältään saamaksi geeni-kombinaatioksi on 4 ja ne on lueteltu tuossa taulukon vasemmassa sarakkeessa.

Vanhempien alleelit C-ch
C-ch CC-ch
CCR-ch CCCR-chch
C-CH CC-CHch
CCR-CH CCCR-CHch

Tämä taulukko kertoo, että erilaisia vaihtoehtoja on tässä tapauksessa 4 ja kaikilla on yhtäläinen todennäköisyysprosentti:
– CC-chch (perusvärinen, ei voikko- eikä samppanjavärinen)
– CCCR-chch (voikkovärinen)
– CC-CHch (samppanjavärinen)
– CCCR-CHch (voikko- ja samppanjavärinen)

Kuten aiemmin todettiin, varsan pohjaväri on joko musta tai rautias. Kun nämä yhdistyvät yllämainittuihin diluutiogeenien yhdistelmiin, tuloksena ovat seuraavat värit:
musta + CC-chch = musta
musta + CCCR-chch = mustanvoikko
musta + CC-CHch = samppanjanmusta
musta + CCCR-CHch = samppanjanmustanvoikko
rautias + CC-chch = rautias
rautias + CCCR-chch = voikko
rautias + CC-CHch = samppanjanrautias
rautias + CCCR-CHch = samppanjanvoikko

Lisätään sekaan vielä kimo
Emältä Johnny voi saada vielä kimo-geenin. Koska emä on genotyypiltään eriperintäinen (GRgr), se voi periyttää Johnnylle joko kimon (GR) tai ei-kimon (gr). Isällähän ei kimo-geeniä ole, kimo näkyy aina hevosen ulkonäessä eikä se voi olla ns. "piilossa", joten isältään se saa aina gr-alleelin. Johnnyn genotyyppi kimon suhteen on siis joko GRgr (kimo) tai grgr (ei-kimo).

Yllä listasimme Johnnyn mahdolliset värit, joita on 8 kappaletta. Nyt tähän lisätään vielä se mahdollisuus, että varsa voi olla myös kimo, mutta se pohjaväri on kuitenkin jokin noista yllä luetelluista. Lopulta Johnnylla on siis 16 mahdollista väriä:
musta + CC-chch = musta
musta + CCCR-chch = mustanvoikko
musta + CC-CHch = samppanjanmusta
musta + CCCR-CHch = samppanjanmustanvoikko
rautias + CC-chch = rautias
rautias + CCCR-chch = voikko
rautias + CC-CHch = samppanjanrautias
rautias + CCCR-CHch = samppanjanvoikkomusta + CC-chch = mustankimo
musta + kimo + CCCR-chch = mustanvoikonkimo
musta + kimo + CC-CHch = samppanjanmustankimo
musta + kimo + CCCR-CHch = samppanjanmustanvoikonkimo
rautias + kimo + CC-chch = rautiaankimo
rautias + kimo + CCCR-chch = voikonkimo
rautias + kimo + CC-CHch = samppanjanrautiaankimo
rautias + kimo + CCCR-CHch = samppanjanvoikonkimo

Tuossa yllä olevassa listassa on siis listattu kaikki mahdolliset värit, jotka Johnny voi saada. Todennäköisyyksiä en ole tähän laskenut laiskuuttani, ne saa helposti CCC:stä ja jokaisen mustapohjaisen värin todennäköisyys on 9.38% ja raudikkopohjaisen 3.13%.

– S

2 kommenttia:

Tuire N. kirjoitti...

Ei mulla mitään järkevää kommenttia ollut, oli vaan pakko tulla sanomaan, että jostain syystä naurahdin ihan ääneen yhdelle typolle tuolla, joka luultavasti copypastetty myös loppupäätelmään :D

rautias + CC-CHch = samOpanjanrautias
rautias + kimo + CC-CHch = samOpanjanrautiaankimo

S + Gin kirjoitti...

Hups! Copy-paste-moka iskenyt. Korjasin sen nyt, kiitos huomautuksesta. Näin sitä on sokea omille teksteilleen.