Esimerkki Coat Color Calculatorille

Jatkan vielä tuosta Coat Color Calculator (CCC)-aiheesta ja esittelen tässä yhden esimerkin sen käytöstä.
(lisää CCC-asiaa löytyy tästä blogista: CCC:n pikaopas ja esimerkkejä CCC:lle, tutustu näihin ensin!)

Esimerkki: rautias tobiano + amber champagne, genotyypit ei tiedossa
Isä: MD Absurd Bond, rautias tobiano
Emä: Champagne Keeps Goin', amber champagne

CCC:n aloitussivulta valitaan vanhempien värit. Isä on siis pohjaväriltään rautias, englanniksi chestnut/sorrel, kirjavuus-kohdasta valitaan solidin sijaan tobiano. Emä on amber champagne, se löytyy värivalikosta suhteellisen alhaalta juuri tällä nimellä. Emän kohdalle ei tarvitse muuta, joten paina continue.

Genotyyppisivulla isän kohdalla kysytään agouti, silver dilution ja tobiano.
Agouti-kohtaan tulee unknown, emme voi mitenkään tietää, onko ori aa-, Aa- vai AA-tyyppinen.
Silver dilution-kohdassa voimme varsin turvallisesti valita Non Silver Carrier, oriin suvusta ei löydy ainakaan tunnistettua hopeageeniä ja muutenkin hopeageeni on erittäin harvinainen tennesseenwalkereilla ja on ylipäänsä kyseenalaista, mahtaako sitä olla rodulla lainkaan.
Tobiano-kohdassa kysytään onko hevonen heterotsygootti vai homotsygootti tobiano vai tiedetäänkö sitä lainkaan (unknown). Voimme varmuuden vuoksi merkitä kohtaan unknown, toinen hyvä vaihtoehto olisi heterotsygootti, koska suvun mukaan sen isä ei ole tobianokirjava vaan overo-kirjava. Toisaalta emme aina voi olla varmoja siitä, onko lehmänkirjavan värityyppi tunnistettu 100% varmasti oikein ja overoksi merkitty isä voi olla toverokin, jossa yhdistyy sekä tobiano- että overoväritys. Voimme kuitenkin olettaa, että MD Absurd Bond on tobiano-geenin suhteen heterotsygootti ja merkitsemme siihen kohtaan Heterozygous (nT).

Emän kohdalla kysytään sekä red factor että agouti, molempiin merkitään unknown, koska emme voi tietää (tietyissä erikoistilanteissa voimme tietää joitakin genotyyppejä tutkimalla hevosen sukua, mutta tässä emme tee niin, koska hevosen suku on EVM eikä värejä ole merkitty).
Champagne Dilution-kohdassa kysytään sitä, onko hevonen heterotsygootti vai homotsygootti samppanja-geenin suhteen. Emme voi tietää tätä suvun perusteella, koska hevosen sukuun ei ole värejä merkitty. Tutkimalla hevosen jälkeläisiä huomaamme, että tamman ensimmäinen varsa on rautias, joka ei siis kanna samppanja-geeniä ja tästä voimme päätellä, että Champagne Keeps Goin'in on pakko olla heterotsygootti samppanja, koska homotsygootti periyttäisi samppanjageeniä ja siinä samalla myös samppanjaväriä kaikille varsoilleen eikä näin ollen voisi koskaan synnyttää tavallista rautiasta varsaa. Samppanja-kohtaan siis Heterozygous Champagne (nCh). Paina calculate.

Tuloslistassa on 16 eri värikombinaatiota, joita varsa voi saada ja se näyttää tältä:
14,58% - Bay Tobiano (ruunikko tobiano)
14,58% - Bay (ruunikko)
14,58% - Amber Champagne Tobiano (amber champagne-pohjainen tobiano)
14,58% - Amber Champagne
8,33% - Gold Champagne Tobiano (gold champagne-pohjainen tobiano)
8,33% - Gold Champagne
8,33% - Chestnut Tobiano (rautias tobiano)
8,33% - Chestnut (rautias)
2,08% - Classic Champagne Tobiano (classic champagne-pohjainen tobiano)
2,08% - Classic Champagne
2,08% - Black Tobiano (musta tobiano)
2,08% - Black (musta)

Vaikka vanhemmat ovat molemmat erikoisvärisiä (lehmänkirjava ja samppanja), molemmat ovat heterotsygootteja näiden erikoisvärien suhteen ja periyttävät varsoilleen myös perusvärejä ilmn muokkaavia tekijöitä. Sen takia kahdesta näinkin erikoisenvärisestä hevosesta on mahdollista saada "tavallinen" ruunikko, rautias tai musta.

Näihin perusväreihin voi kuitenkin liittyä joko samppanjageeni tai tobianogeeni tai molemmat ja sen vuoksi värivaihtoehtoja on näin paljon.

Kokeile nyt samaa kombinaatiota uudestaan, mutta oletetaan tällä kertaa, että tiedämme emän olevan genotyypiltään EE-AA ja heterotsygootti samppanjan suhteen. Isästä ei siis tiedetä edelleenkään värin lisäksi mitään muuta.
Merkitse siis uudestaan isän väriksi chestnut/sorrel ja tobiano ja emälle amber champagne. Isän genotyyppi on siis sama, agouti unknown, Non Silver Carrier ja Tobiano heterozygous.
Emän kohda siis muuttuu: red factoriin Homozygous Black (EE), agoutiin Homozygous Agouti (AA) ja samppanjaan Heterozygous Champagne (nCh). Paina calculate.

Tulos on huomattavasti erilainen kuin edellinen:
25,00% - Bay Tobiano (ruunikko tobiano)
25,00% - Bay (ruunikko)
25,00% - Amber Champagne Tobiano (amber champagne-pohjainen tobiano)
25,00% - Amber Champagne

Miksi näin, vaikka emän väri ei muuttunut mihinkään?
Emä on nyt ns. "homotsygootti ruunikko". Perusvärit (rautias, ruunikko, musta) määräytyvät kahden geenin avulla, E:n ja A:n. Jos hevosella on ee, se on aina rautias (tässä tapauksessa A voi olla ihan mitä vain, se ei vaikuta väriin lainkaan). Jos hevoselta löytyy E (joko Ee tai EE), A-geeni vaikuttaa. E-aa on musta ja jos hevosella on vähintään yksi E ja yksi A, se on ruunikko (tässä tapauksessa ruunikko-pohjainen samppanja eli amber champagne).
Jos emä on siis EE-AA, se periyttää kaikille varsoilleen sekä E:tä että A:ta eikä mitään muuta ja isän väristä riippumatta tämän tamman varsat ovat aina ruunikkopohjaisia. Sen takia värivaihtoehtojen listasta karsiutui pois rautiaspohjaiset (gold champagne) ja mustapohjaiset (classic champagne) värit.

Tässä ilmenee miten värien laskentaan vaikuttaa se, tiedetäänkö vanhempien genotyyppi vai ei. Jos vanhempien genotyypistä ei tiedetä mitään, CCC laskee kaikki mahdolliset vaihtoehdot. Prosenttiosuudet ovat siis teoreettiset, koska vaikka emme tiedä genotyyppejä, ei vanhemmilla ole kuin yksi genotyyppi ja varsa syntyy tietystä yhdistelmästä, ei kaiksita yhdistelmistä, joiden todennäköisyydet CCC antaa. Jos vanhempien genotyypit tiedetään tarkasti, CCC pystyy laskemaan juuri sen tietyn yhdistelmän todennäköisyydet ja tulos on tarkka ja yleensä myös värivalikoima on suppeampi, kuten tässä tapauksessa.
Kuitenkin, vaikka genotyyppejä ei tiedetä ja sanoin, että CCC laskee todennäköisyydet teoriassa väärin, ei se tarkoita sitä, että värivalikoimaa antaessaan CCC tekisi virheitä. CCC ei anna mahdottomia värejä tulokseksi eikä jätä mahdollisia värejä pois tuloksista, se antaa vain laajimman mahdollisen värivalikoiman. Jos genotyypit tiedetään, värien todennäköisyydet yleensä muuttuvat ja usein värivalikoima myös kapenee, mutta ei koskaan laajene siitä, mikä on unknown-tapauksessa tullut.

Jos minä siis joskus astutan nuo esimerkin hevoset keskenään enkä ole merkinnyt vanhemmille genotyyppejä, valitsen värin tuosta laajimmasta listasta. Ne kaikki värit ovat varsalle mahdollisia, siihen voi CCC:n kanssa aina luottaa. Tai ainakin toistaiseksi on voinut, eihän sitä tiedä, jos siinä on jossain jokin logiikkavirhe. Toistaiseksi sellaista ei kuitenkaan ole tullut vastaan.